色谱是一种分离分析方法，分离是其核心。因此起到分离作用的色谱柱是色谱系统的核心。色谱仪对色谱柱的要求是选择性好，柱效高且分析速度快。用于分析的各种微粒填料如以以硅胶为基质的键合相及多孔硅胶、氧化铝、多孔碳及有机聚合物微球等粒度一般为3至10μm，柱效的理论值可以达到五至六万每米。对于一般分析只需要五千塔板数的柱效；其对于同系物分析只要五百塔板数即可。对于分离困难的物质可以采用高达两万塔板数的柱子，因此一般十至三十厘米的柱长就能够满足复杂混合物分析的要求。

柱效会受到柱内外因素的影响，液相色谱仪为使色谱柱达到佳效率，除柱外死体积要小还需要有合理的柱结构及装填技术。在色谱柱中心及沿管壁部位填充情况总是不一样的，靠近管壁的部位比较疏松容易产生沟流，流速较快会影响冲洗剂导致谱带加宽称其为管壁效应。管壁区一般从管壁向内算起三十倍粒径的厚度。在一般的色谱系统中柱外效应对柱效的影响要远远大于管壁效应。

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